Es gibt einen Unixstandard für sogenannte "erweiterte Dateiattribute", nahezu beliebige Schlüssel-Wert-Paare, die einer Inode zugeordnet sind (siehe zum Beispiel man 2 setxattr).

Je nachdem mit welchen Einstellungen Dein Kernel kompiliert wurde, kannst Du diese APIs prinzipiell auch auf einem Extended 3 Filesystem unter Linux benutzen. Ich weiß allerdings nicht, ob es dafür eine ordentliche Perlanbindung gibt.

Wenn die Lösung portabel sein soll, würde ich Taulmarill beipflichten und empfehlen, die Metainformationen in einer zusätzlichen Datei abzulegen -- vielleicht in einer kleinen SQLite- oder DBM-Datenbank.