Du müsstest binmode halt nicht nur auf das Ausgabedateihandle sondern auch auf das Eingabedateihandle anwenden. Ob binmode(ARGV) allerdings wie gewünscht funktioniert weiß ich nicht, schließlich existiert dieses magische Dateihandle erst, wenn man das erste mal daraus gelesen hat. Aber im CGI-Kontext wäre es sowieso sinnvoller, binmode und read auf STDIN anzuwenden, Aus ARGV zu lesen, wie Du es tust, ergibt hier meiner Meinung nach keinen Sinn.