Das ist im Prinzip völlig egal, welches Template-System Du benutzt, da die Auswahl nicht wirklich Auswirkungen auf die Ajax-Funktionalität hat.

Ich habe eine zeit lang auch CGI::Ajax verwendet. In der Anwendung habe ich HTML::Template::Compiled als Template-System genommen, aber das hätte ich ohne große Änderungen auch mit einem anderen Template-System machen können.