Ist es denn wieder perl.exe das drauf hängt?
Hast Du parallel noch andere Scripte laufen, die drauf zugreifen und sich vielleicht noch in einer schleife befinden?
Kann es sein, dass das Verzeichnis garnicht mehr existiert, weil ein früherer Durchlauf das Verzeichnis eine Ebene höher und damit alle darunter schon gelöscht hat?
Ist Dein hier gepostetes Script vollständig oder läuft davor noch etwas?

Was genau machst Du an der Stelle, wo Du "hier mache ich noch ein paar wilde Sachen" geschrieben hast?