Ich würde mal behaupten, dass Perl erst alle Referenzen auf ein Handle entfernt wenn das Programm den Geltungsbereich verlässt, oder überschrieben wird, was bei lexikalischen Handles erst am Ende des Programms ist. Ich kann mir vorstellen, das unter Windows die Datei zwar geschlossen, aber die Datei nicht freigeben wird. Das heißt die Handle-ID bleibt erhalten und gehört weiterhin dem Programm. Ich würde vorschlagen, das Handles normale Variablen zu nutzen, da hast du keine Probleme mit den Scopes.