keine ahnung, mir sieht der code viel zu kompliziert aus, deine lese- und schreibroutinen sind allesamt sehr ungewöhnlich (siehe auch meine weiteren kommentare).
korrigiere erstmal den code mit flock, und teste nochmal. und debugge immer vorher und nachher, was in der datei steht und was du reinschreibst. einfach auf STDERR printen und im errorlog nachgucken.