Guck Dir auch mal die Fehlerbehandlung an. Mindestens "open", "unlink", "close" sollte man hier prüfen.

Und dann sollte man vermutlich auch den Rückgabewert von "rindex" prüfen, d.h. ob der String gefunden wurde. Aber (wie offenbar auch renee) ist mir nicht wirklich klar, was der Kram mit dem "MZ" bedeuten soll. Ich habe mir gerade mal von irgend einem PDF den Quelltext angesehen, da stand kein "MZ" drin. Selbst wenn, ist es zweifelhalft, ob ein Uploadscript in einem PDF so undifferenziert herumdoktorn sollte.

Aus Deinem Script geht auch nicht hervor, woher $Value1 kommt (hoffentlich nicht vom Client, denn es wird immerhin als Dateiname benutzt) und was dieses $wordmarke tun soll. Lies auch mal bitte über Code im Beitrag.