zur frage, ob es für den user spürbar ist:
das kann man pauschal gar nicht beantworten. es kommt darauf an, wie schnell der server ist und wie lange ein request mit CGI dauert.
dauert er z.b. nur eine sekunde, wird der user kaum einen unterschied spüren. je mehr zugriffe du aber hast, desto mehr last ist auf dem server und desto öfter überschneiden sich die requests, wodurch es dann insgesamt langsamer wird.
der gewinn ist eher, dass es skaliert.

am beispiel von battie kannst du mal sehen, wie gross der unterschied ist:
CGI: http://battie.perl-community.de/cgi/battie.cgi/poa...
mod_perl: http://battie.perl-community.de/bat/poard/start
(mod_perl und FastCGI sind da ungefähr vergleichbar)

der unterschied ist hier sehr deutlich, aber battie lädt auch wirklich *sehr* viele module und macht sehr viel vor und nach dem eigentlichen request, was bei der mod_perl-variante gespart wird.

die kunst eines entwicklers ist eben, von fall zu fall entscheiden zu können, was lohnt.