Leider kann ich Dir nicht wirklich sagen, was daran falsch ist. Aber ich kann sagen, wie ich das mache:

Ich lege in das Root Verzeichnis eine Datei index.shtml und rufe das Script dann per SSI so auf:
<!--#include virtual="/cgi-bin/foo/bar.pl" -->

Erfüllt m.E. den gleichen Zweck. Damit hättest Du zumindest für jetzt schonmal eine Lösung bis das andere Thema geklärt ist, zumindest wenn SSI verfügbar ist, davon gehe ich aber aus, da .htaccess -> Apache.