was passiert denn mit den dateien?
du arbeitest sie einmal ab und wirfst sie dann weg?
so eine verschachtelung hat halt schon viel von nem echten baum.

wenn du also einen echtes baum konstruktes hättest, und "geschwindigkeit" nicht prio 1 ist, kannst du shon mit filepointern arbeiten und die daten (auch keys) auf der platte lassen.

aber ohne genaue hintergründe, ist es schwer da jetzt zu helfen.