gleich ein vorschlag: du solltest dir angewöhnen, variablen sinnvoll zu benennen.
du machst:


recycling ist eine gute sache, aber nicht bei variablennamen.
zuerst ist $dna der dateiname (an dem übrigens noch das newline vom einlesen aus STDIN hängen dürfte), und dann wird es plötzlich zum string (inhalt der datei).

stelle dir beim programmieren immer vor, dass du das script in einem halben jahr nochmal erweitern willst. verstehst du es dann noch?
ein erster blick verrät dir: aha, $dna soll der dateiname sein. später im script wird es aber ganz anders benutzt. du musst dann erstmal wieder verstehen, dass du die variable für zwei völlig verschiedene sachen benutzt.

nur ein rat, den ich wegen meiner eigenen erfahrungen gebe.