Du kannst unter Windows ein Programm auch mit start aufrufen.
Gib mal in der DOS-Box start /? ein und schau Dir die Parameter an.

Das würde ich verwenden, um das Perlscript zu starten und zwar mit einem Pfad (Parameter /D) auf den system32 Ordner.

Zeig uns doch bei Gelegenheit auch mal die Ausgabe, die kommt, wenn Du in der DOS-Box einfach nur path eingibtst und Enter drückst.