Der Compiler für C# und die .NET-Laufzeitumgebung und Standardbibliotheken von Microsoft sind zwar frei wie Freibier, aber nicht frei wie Freiheit. Sprich: Den Quellcode kann man für keinen dieser essentiellen Bestandteile vollständig einsehen oder gar modifizieren.

Es gibt mit Mono einen komplett freien Nachbau der Microsoftwerkzeuge, der nicht nur unter Windows sondern auch auf Unices lauffähig ist. Allerdings kann man bei solchen Reimplementationen natürlich immer mal auf Kompatibilitätsprobleme stoßen, wenn man die allerneuesten Features des Originals benutzen will.

Dass C# und Perl irgendwelche Gemeinsamkeiten haben, außer das beides natürlich touringmächtige Programmiersprachen sind, würde ich heftig bestreiten — aber solche Aussagen sind sowieso Geschmackssache ;-)