Ja, das habe ich mir schon gedacht, dass es um die Unix-Tools geht. ;)
Ansonsten gäbe es noch GnuWin32 (ohne Cygwin!) für Unixoide Tools. Die neheme ich oft.

Du musst doch sowieso alles in der Kommandozeile (cmd) ausführen, oder?
Warum baust du dir für die Perl-Entwicklung keine eigene Batchdatei, in der die Cygwinpfade in bezug auf C-Compiler fehlen und nur die auf MingW vorhanden sind? Lassen sich die für Cygwins gcc notwendigen lib,-header, ... -Pfade nicht auch über Umgebungsvarablen in der Batch auf die für Mingws gcc setzen?