Ich hab's gerade noch mal mit iconv und den zusätzlichen Parametern "//TRANSLIT//IGNORE" versucht. Das sieht auf den ersten Blick ganz gut aus!

Auf den Original-Zeichensatz der Texte habe ich erst mal keinen Einfluss. Dabei handelt es sich um wissenschaftliche Korpora, die von den unterschiedlichsten Leuten zu den unterschiedlichsten Zeiten erstellt wurden.