Arduino ist eine Kombination aus javalib (zur kommunikation mit dem Board) und avr-cosscompiler mit speziellen Libs für das Board (sammt Compiler für die Arduino Programmiersprache).
Mit Inline::Java sollte man ein Binding erstellen können. Alternativ kann man mit libusb oder SeriellPortEmulation die Kommunilation reimplementieren. Wäre aber sicher einige Arbeit.