Das Problem muss tatsächlich von Windows kommen.
Ich setze per utime die Datei auf 1279436836 und frage anschließend ab:
stat() liefert den selben Wert auch wieder zurück, soweit ok.
Ein dir von Windows allerdings bringt wieder 9 Uhr irgendwas raus statt 7 Uhr.

Also Perl und stat() sind raus, die arbeiten richtig.