das hängt wohl vom webserver ab. wenn der den output selber puffert, kannst du da nicht viel machen.
aber es macht eh nicht so viel sinn, bei CGI-skripten bei wartezeiten den browser auf die nächste ausgabe warten zu lassen. wenn du eine längere berechnung machst, dann solltest du eh eine statusseite ausgeben, die sich reglmässig neu lädt, bis der hintergrundprozess fertig ist.