wie rufst du das externe programm auf? mit system()?
wenn ja, dann kannst du die shell-interpretation verhindern, indem du an system() mehrere argumente übergibst.
statt
system("programm $arg1 $arg2");
machst du
system("programm", $arg1, $arg2);

dadurch wird gar keine shell aufgerufen.

falls das nicht geht (wenn du z.b. im aufruf eine umleitung von STDERR oder so machen musst), dann solltest du dir IPC::Run anschauen.