Beim FTP-Programm lassen sich doch je nach Dateiendung der Modus einstellen, ob im Binär- oder Textmodus hochgeladen wird.

Ich empfehle folgende Perl-Dateiendungen im Textmode hochzuladen:
.pod
.pm
.pl
.plx
.cgi

Welches FTP-Programm verwendest du?