File::MMagick implementiert das Dateiformat wie es vom ursprünglichen file (1987?) genutzt wurde. file hat aber ein paar Implementierungen und irgendwann so um 2003 herum wurden viele davon zusammen gelegt und ein gemeinsames Fileformat definiert. Das mündetete in der libmagick. Dieses bietet den Vorteil, dass es die Typen-Files des Systems lesen kann.
Zudem ist es viel schneller als die Implementierung in Perl. Nicht nur wegen C, auch weil systemspezifische Optimierungen vorgenommen werden. (z.B. schnelles unter Linux "öffnen => Block lesen => schließen")
Wann immer es möglich ist würde ich libmagick vorziehen.