Thread Marker fürs Bearbeiten bestimmter Bereiche in Textdatei gesucht (11 answers)
Opened by Pauline25 at 2011-08-10 14:06

Pauline25
 2011-08-10 14:06
#151468 #151468
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Hallo zusammen. Ich möchte eine Textdatei bearbeiten, die wie folgt aussieht:

NC_014171.1 RefSeq gene 11341 14260 . + . ID=NC_014171.1:rrl_1;locus_tag=BMB171_C5090;db_xref=GeneID:9190897
NC_014171.1 RefSeq exon 11341 14260 . + .
ID=NC_014171.1:rrl_1:unknown_transcript_1;Parent=NC_014171.1:rrl_1;gbkey=rRNA;locus_tag=BMB171_C5090;product=23S ribosomal RNA;db_xref=GeneID:9190897;exon_number=1
NC_014171.1 RefSeq gene 14311 14425 . + . ID=NC_014171.1:rrs_1;locus_tag=BMB171_C5091;db_xref=GeneID:9190898
NC_014171.1 RefSeq exon 14311 14425 . + .

Folgendes soll getan werden: File einlesen und jedesmal, wenn das Wort gene auftaucht bestimmte Informationen extrahieren. Eine dieser Informationen wird als key für ein Hash bestimmt, alle übrigen werden in ein Array eingelesen und das als Value zum Hash hinzugefügt. Das Problem ist nun, dass die Informationen, die ich brauche über mehrere Zeilen gehen (erstes Beispiel fett markiert), ich also nicht Zeile für Zeile arbeiten kann. Ich bräuchte so etwas wie einen Marker, der das Wort gene erkennt und mich dann alles nötige bearbeiten und ins Hash speichern lässt und dann weiß, dass das nächste gene gesucht werden muss. Mir wurde gesagt, ich soll dass über eine Variable mit zwei Markern lösen. Ich brauche also keine Komplettlösung oder ein Skript, sondern eine Idee, mit welchen Mitteln so etwas geht, bzw. was ich mir in meinen schlauen Büchern mal anschauen sollte.

Ich hoffe, jemand hat eine Idee
Lieben Gruß

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