Na die Idee ist, dass Du trotzdem jede Zeile durchgehst, nur dann je nach gesetztem Marker entweder die Zeile weiter zerschnippelst fürs Hash/Array, oder nach 'gene' suchst um dann den Marker zu setzen.

BTW:Ist in Deinem Beispiel eine Zeile zuviel fett? Die 1+2 und die 3+4 Zeile sehen ja ähnlich aus...

Gruß,
Molaf