Was du noch machen koenntest sind die ganzen Optionen die in allen noeglichen .htaccess Dateien drin stehen, hart in die httpd.conf (bzw. vhost.conf) reinschreiben und das parsen der .htaccess Dateien in der httpd.conf abschalten. Dann muss er die bei jedem Request zumindest schonmal nicht mehr vom filesystem einlesen.

Ansonsten wuerde ich sagen ist die Kiste einfach ueberladen.