das war für mich noch nie ein problem. man kann ja den pfad von system zu system unterschiedlich setzen. per umgebungsvariable oder FindBin z.b.
eigene modulverzeichnisse bieten den vorteil, dass man sie jederzeit löschen und neu füllen kann. sind die module einmal im standard-pfad, kriegst du sie schwer wieder weg, ohne evtl. etwas ungewünschtes zu löschen.