Für Hintergrundaktivitäten nutzt man unter Windows normalerweise Dienste.

Beispielsweise mit dieser Sache kann man aus Programmen Dienste machen: http://www.basta.com/Product.aspx?pid=22

Allerdings weiß ich nicht, wie sich das in deinem Fall verhält, wo wir ja von einem Perl-Prozess reden der über Konsole gestartet wird.

Mit den Begriffen "win perl to service" findet man einiges im Netz, wie z.B. das hier:
http://www.perlmonks.org/index.pl?node_id=230377