Vielleicht könnte man das ganze auch als Dienst/Daemon verankern. Und der würde dann nur aktiv, wenn eine bestimmte Bedingung eintritt.
http://search.cpan.org/~jdb/Win32-Daemon-20110117/...

Diese Bedingungen könnte das Vorhandensein einer ganz bestimmten Dummy Datei sein, die vom Anmeldescript des Benutzers erzeugt wird. Denn wenn das Anmeldescript nur eine Datei erzeugen muss wäre das Fenster schneller wieder zu als es der Anwender anklicken kann.