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Wenn ich die Daten jetzt wieder in die Datenbank schreiben möchte, und zwar utf-8-kodiert, muss ich die dann nochmal mittels encode() umwandeln?

Ja, wenn Du Wert auf eine vollständig zeichenorientierte Kommunikation zwischen Perl und DB Wert legst, sollten die einzufügenden Werte keine Bytesequenzen sein sondern utf-8-kodierte Strings.

im DBH { mysql_enable_utf8 => 1 } damit gehts in beiden Richtungen, der DBD Layer muss das jedoch unterstützen.