Im Moment hast du als "OutputFile" eine Referenz auf eine Datenstruktur und kein Filehandle bzw. es reicht ein Name einer Datei XMLout( { config => $xml }, AttrIndent => 1, KeepRoot => 1, NoAttr => 1,OutputFile => 'myFile.conf'}).

Lies Dir das nochmal durch: XML::Simple

Wenn Du erreichen möchtest, dass Werte in Deiner Ausgangsdatei 'aircracker.conf' nur geändert werden soll, solltest Du noch etwas mehr Aufwand betreiben, um sicher zu gehen, dass die Struktur Deiner conf-datei auch erhalten bleibt.