Wenn man verschlüsselte Blockgeräte haben will, sollte man sich für Linux den inzwischen etablierten Standard LUKS ansehen. Oder, wenn man etwas noch portableres braucht, würde sich TrueCrypt anbieten. Auch ein verschlüsseltes Dateisystem wie eCryptfs könnte interessant sein.

Das alte Cryptoloopsystem zu verwenden, wie hlubenow schreibt, ist meiner Meinung nach nicht so sinnvoll, da es viel unbequemer zu handhaben ist als die oben erwähnten Tools und im Gegensatz zu diesen keinerlei Informationen über das Setup der Verschlüsselung im Container speichert, so dass man extern noch allerhand Daten aufbewahren muss, die beschreiben wie man den Container später wieder korrekt öffnen kann.