Du kannst natürlich in einem Perl-Programm mehrere Datenbankhandles auf mehrere Datenbanken (auch unterschiedlicher Art/Hersteller) auf verschiedenen Rechnern offen haben.

Die Logik, die Daten aus der einen Datenbank mit denen aus einer anderen anderswo zu vergleichen, musst Du dann wohl in Perl machen.

[Genau davon habe ich vor 12-13 Jahren gelebt und genau das hat mich von Perl überzeugt.]