Ich gehe mal davon aus dass es sich bei dem Server um einen Hoster handelt der CGI-Scripte zulässt.
Gehe in den Fall wie folgt vor.
Schreibe ein CGI-Script das alle nötigen Daten und Parameter bekommt um sich an der DB anzumelden. Idealer weise sollte das Script über ein Passwort gesichert sein, damit kein Unbefugter in die DB schreiben kann. Dann kannst du die Lokal geparsten Einträge mit LWP::Simple an das CGI-Script senden, welches es in die DB einträgt. Da du dich nicht an bestimme Protokolle halten musst kannst die Datensätze auch gepackt übertragen. z.B mit Storable. Das geht schneller und macht die Verarbeitung einfacher. Achte aber dennoch darauf die Daten zu prüfen, um fehlerhafte Einträge zu verhindern.