Variablen in Perl sind nicht gerade klein. JEDE Variable in Perl ist sowas wie in C ein struct.
Aber falls die meisten Elemente 0 bleiben probier mal die nicht zu initialisieren. Soweit ich weiss kann Perl Sparce-Arrays. D.h. du kannst Indexe einfach auslassen und sparst so Speicher, wenn du nie was reinschreibst.