Ich will mal raten.

Eine Möglichkeit:
Du hast Gensequenzen und RegExps mit denen du diese untersuchst. Nun sagt dir perl eine Lange Regexp hat etwas gefunden. Nun willst du wissen, ob die kürzere in dem Fund auch etwas findet.

Andere Möglichkeit:
Du hat einen Langen Regulären Ausdruck (A) der Gensequenzen Matched. Nun willst du untersuchen, welche Sequenzen Dieser Reguläre Ausdruck überhaupt finden kann. Das willst du mit einem Regulären Ausdruck (B) machen.
Dazu Musst du den Regulären Ausdruck (A) in eine Liste von Strings wandeln, und die mit dem Ausdruck (B) untersuchen.
Für POSIX-RegExp habe ich mal ein Mdoul geschriben das Einen Regulären Ausdruck in eine Liste von Strings wandelt. Das ist ein absolut chaotisches undokumentiertes und unvollständiges Modul von 1000 Zeilen, das ich an einem Wochenende geschrieben habe.
Möglicherweise gibt es bei Cpan ordentliche Module.