Von wie vielen Einträgen ist denn die Rede? 5, 10, 100, 100000?

Sind die Dateien korrekt sortiert, wenn Du sie in den Hash überträgst? Wenn ja, dann schau Dir mal Tie::IxHash an; damit kann Hashes "sortiert" halten; die Keys kommen in der Reihenfolge raus, wie sie reingegangen sind...