Ich habe es über zwei Varianten in Perl gemacht:

1.
Datei in $data lesen und alles über $dbh->do($data) in die DB packen.

2. Datei Zeilenweise mit dem Trenner ";\n" in $line lesen, Kommentare entfernen, ";\n" entfernen und jede Zeile mit $dbh->do($line) in die DB packen.

Bei PostreSQL funktioniert die erste Variante wunderbar, MySQL kam bei mir nur mit der zweiten klar. Das ist jetzt aber schon eine weile Her möglicherweise hat sich da schon wieder was getan.