Der einfachste Vergleich den ich immer mache wenn es nötig ist:
Ich neheme eine Liste mit präparierten Links. Damit hole ich das HTML der Webseiten (LWP::Simpe z.B), mache eine Quersumme darüber (md5). Zu jedem Linke speichere ich die Quersumme. Dann mache ich das Update und wiederhole den den Test und prüfe dabei ob sich die Quersumme verändert hat. Bei Jeder Veränderung wird die URL ausgegeben und ich kann das Prüfen.

Das ganze kann man auch grafisch machen, wenn man viel Javascript hat (beim Update von Javascript-Libs kann es ja auch zu Problemen kommen), das Inhalte generiert. Foto von allen Webseiten (Man kann z.B Gtk2::WebKit dafür benutzen) und diese Speichern. Nach dem Update alle Webseiten nochmal abklappern und das alte Bild mit dem neuen per XOR verbinden. Nun noch den Durchschnitt aller Pixel erstellen. Wenn der "Weiß" ist, also den Maximalen Wert hat (oder sehr nahe dran ist). Dann ist alles in Ordnung, wenn das nicht der Fall ist URL und das XOR-Bild anzeigen.

Wenn du einen generellen Test machen willst. Dann kannst du die Webseiten nach PHP-Fehlermeldungen durchstöbern.