Wenn's Dir nur darum geht nachzuschauen ob es Perl ist oder nicht, könntest Du versuchen es mit PPI zu parsen. Ist es ein gültiges PPI-Dokument, wird es sich um Perl handeln sonst ist es etwas anderes.

Du wirst Dir vermutlich verschiedene Sachen anschauen müssen und dann eine Wahrscheinlichkeit daraus berechnen:

* Dateiendung
* Filetype
* Schlüsselwörter
* Shebang
* Statisches Parsen (wie z.B. PPI für Perl)

Ganz schwierig wird es natürlich wenn es durch Obfuscator oder ähnliches jagt (es gibt z.B. ein Modul, das Perl in .gifs einbettet. Schaut man sich das .gif mit einem Grafikprogramm an, ist es einfach ein Bild. Man kann aber auch perl xxx.gif aufrufen und es läuft das Perl-Programm)