#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my %index;

my $file_ref='/was/weis/ich.txt';
my $file_data='/keine/Ahnung/wo.txt';
my $file_out='/irgend/wo/hin.txt';

open(my $fh, '<', $file_ref) or die("Can't open $file_ref ($!)\n");
while(my $line=<$fh>)
{
  chomp($line);

  # weiteres Aufbreiten der Zeile...
  # du weißt was noch gemacht werden sollte...

  $index{$line}=1;
}
close($fh);

open(my $fho, '>', $file_out) or die("Can't open $file_out ($!)\n");

open(my $fhi, '<', $file_data) or die("Can't open $file_data ($!)\n");
while(my $line=<$fhi>)
{
  chomp($line);

  # weiteres Aufbreiten der Zeile...
  # du weißt was noch gemacht werden sollte...

  if(exists($index{$line}) and $index{$line})
  {
    print $fho "$line\n";

    # wenn eine Zeile nicht doppelt gefunden werden darf:
    #delete($index{$line});
  }
}
close($fhi);

close($fho);