Also ich verstehe das immer noch nicht so ganz... Wenn die Zeile identisch in A und B ist, was macht es denn dann überhaupt für einen Unterschied, ob die Zeile aus A oder B ausgegeben wird?

Also mit Deinem Beispiel oben:

Inhalt Datei A:
11
22
33

Inhalt Datei B:
44
22
55

Wie wäre in diesem Beispiel dann der Inhalt von C? Es wäre doch dasselbe wie A... Also was hat das Vertauschen für einen Sinn?

Die Art und Weise, wie Du da mit substr und grep arbeitest, könnte meine Frage beantworten, aber zur Veranschaulichung zeig bitte mal echten Beispiel-Input und -Output, wo das wirklich einen Unterschied macht.