Versuch doch mal Tie::File.

Damit "bindest" Du eine Datei an einen Array und kannst per Array-Index auf die jeweilige Zeile zugreifen.

Ich hatte bisher den Eindruck, dass es nicht unbedingt das Schnellste ist, was geht, aber vielleicht reicht es noch Deinen Ansprüchen. (Ich denke, dass beispielsweise topegs seek-Ansatz schneller wäre; ausprobiert und verglichen habe ich es nicht)

Versuch es doch einfach mal damit.