Danke erstmal an alle für eure schnelle und tolle Hilfe :) ihr habt mir damit sehr geholfen und ich konnte einige neue Sachen in Perl lernen (z.B. über Module).
Das Programm funktioniert, allerdings könnte ich weinen :'( da die mir genannten Anforderungen an das Programm zwar erfüllt wurden, aber nicht korrekt waren. Das heißt ich soll das Programm jetzt nochmal überarbeiten, allerdings kann ich das mit meinem aktuellen Wissensstand unmöglich alleine :O

Könnt ihr mir grob sagen ob und wenn ja wie folgende Sachen mit Perl umsetzbar sind?

1) Beim Einlesen der Dateien innerhalb eines Ordners überprüfen, ob sich zwei Dateien(mit .ffn Format) darin befinden und diese ineinander überführen? Ich habe ja bisher ein Array benutzt um alle nacheinander einzulesen und hier habe ich keinen Ansatz wie ich die im Array eingespeicherten Dateien auf diese Weise bearbeiten soll, oder muss ich hier eine komplett andere Lösung anwenden anstatt des Arrays? Gibt es für diese Überprüfung i.welche bereits erstellten Module?