Genau deine Deutung ist korrekt :)

Das Grundverzeichnis sind alle bisher sequenzierten Bakteriengenome.
Und hierbei kommen die zweifachen .ffn Dateien durch zwei vorhandene Chromosome der jeweiligen Spezies zustande. Sprich zwei Chromosome/ zwei .ffn Dateien sind hier die Obergrenze. Die Originaldateien sollen unverändert bleiben und nur ausgelesen werden.

Es sollen nur der Inhalt der beiden .ffn Dateien (falls zwei vorhanden) aus einem Ordner zusammengeführt werden, da dies die Gene eines Bakteriums sind.
Ist das denn auch innerhalb eines Arrays durchführbar?
So dass z.b. [0] Chromosom Bakterium A, [1] Chromosom Bakterium B, [2] (1.Chromosom + 2. Chromosom) BakteriumC, ... gespeichert sind? Ich stelle mir das schwierig vor in einer/meiner Einleseschleife soviel zusätzliche Arbeit zu verrichten.