Opened by Alex at 2013-04-23 11:08
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2006-01-27
3870 Artikel
HausmeisterIn
2006-01-27
3870 Artikel
HausmeisterIn
Ja, der Code
muss später angepasst werden, um die Daten wie gewünscht zu verarbeiten.
Aber das ist doch schon wieder vorgegriffen. Dein Problem besteht doch mindestens aus 2 Schritten:
Schritt 1: suche und finde Dateien
Schritt 2: verarbeite die gefundenen Dateien
Bleib doch erstmal beim Schritt 1 und grübel (noch) nicht über Schritt 2 nach.
Oder bekommst Du mittlerweile Ausgaben über gefundene Dateien?
Meiner Meinung nach ist es relativ sinnfrei, sich Gedanken um Schritt 2 zu machen, solange Schritt 1 kein brauchbares/gewünschtes Ergebnis liefert.
Ich kann es derzeit weder nachvollziehen noch verstehen, warum bei absoluter Pfadangabe eine Fehlermeldung kommt, dass das Verzeichnis nicht gefunden würde und bei relativer Pfadangabe keine Meldung, aber auch kein Ergebnis... Da stimmen irgendwelche Angaben nicht...
Ich habe jetzt mal zum Testen folgende Struktur angelegt:
"recombine.pl" ist dabei mein Testskript.
Wenn ich das jetzt ausführe (Pfadangabe im Skript: /home/linuxer/testing/bioperl ) bekomme ich die folgende Ausgabe:
Wenn Du solch eine Ausgabe nicht hast, dann scheint mir da noch was nicht korrekt zu sein.
Ist die Dateiendung wirklich nur .ffn oder evtl. auch .FFN?
Dann ist nämlich der Code anzupassen... Unter Linux ist Groß- und Kleinschreibung wie schon erwähnt zu beachten!
Last edited: 2013-04-30 17:28:20 +0200 (CEST)
Code (perl): (dl
)
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# this routine is to be changed to do the job of data extraction and combination # ADJUST THIS CODE if test run was successful sub combine_to { my $newfile = shift; my $directory = shift; my $filesRef = shift; # DEBUG output warn <<DEBUGTEXT; DATADIR: '$directory' OUTPUTFILE: '$newfile' DATAFILES: @{$filesRef} DEBUGTEXT }
muss später angepasst werden, um die Daten wie gewünscht zu verarbeiten.
Aber das ist doch schon wieder vorgegriffen. Dein Problem besteht doch mindestens aus 2 Schritten:
Schritt 1: suche und finde Dateien
Schritt 2: verarbeite die gefundenen Dateien
Bleib doch erstmal beim Schritt 1 und grübel (noch) nicht über Schritt 2 nach.
Oder bekommst Du mittlerweile Ausgaben über gefundene Dateien?
Meiner Meinung nach ist es relativ sinnfrei, sich Gedanken um Schritt 2 zu machen, solange Schritt 1 kein brauchbares/gewünschtes Ergebnis liefert.
Ich kann es derzeit weder nachvollziehen noch verstehen, warum bei absoluter Pfadangabe eine Fehlermeldung kommt, dass das Verzeichnis nicht gefunden würde und bei relativer Pfadangabe keine Meldung, aber auch kein Ergebnis... Da stimmen irgendwelche Angaben nicht...
Ich habe jetzt mal zum Testen folgende Struktur angelegt:
Code: (dl
)
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/home/linuxer/testing/bioperl
├── Bakterien
│ ├── emil
│ │ └── emil.ffn
│ ├── fritz_anna
│ │ ├── anna.ffn
│ │ └── fritz.ffn
│ └── hans
│ └── hans.ffn
└── recombine.pl
4 directories, 5 files
"recombine.pl" ist dabei mein Testskript.
Wenn ich das jetzt ausführe (Pfadangabe im Skript: /home/linuxer/testing/bioperl ) bekomme ich die folgende Ausgabe:
Code: (dl
)
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DATADIR: '/home/linuxer/testing/bioperl/Bakterien/emil'
OUTPUTFILE: 'combined.ffn'
DATAFILES: emil.ffn
DATADIR: '/home/linuxer/testing/bioperl/Bakterien/hans'
OUTPUTFILE: 'combined.ffn'
DATAFILES: hans.ffn
DATADIR: '/home/linuxer/testing/bioperl/Bakterien/fritz_anna'
OUTPUTFILE: 'combined.ffn'
DATAFILES: anna.ffn fritz.ffn
Wenn Du solch eine Ausgabe nicht hast, dann scheint mir da noch was nicht korrekt zu sein.
Ist die Dateiendung wirklich nur .ffn oder evtl. auch .FFN?
Dann ist nämlich der Code anzupassen... Unter Linux ist Groß- und Kleinschreibung wie schon erwähnt zu beachten!
Last edited: 2013-04-30 17:28:20 +0200 (CEST)
meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
Die Sprache heisst Perl, nicht PERL. - Bitte Crossposts als solche kenntlich machen!
Die Sprache heisst Perl, nicht PERL. - Bitte Crossposts als solche kenntlich machen!