Wenn du die Möglichkeit hast und nicht extra alles selbst programmieren musst, benutze doch die Module und Programme die speziell für Perl und Bioinformatik (BioPerl) erstellt wurden.
Vielleicht hilft dir da:
http://bioperl.org/wiki/HOWTOs

//EDIT: Oh Linuxer schrieb schon was in msg #168199