Ich hoffe aber, dass die "Tote" aber noch etwas lebt ;-)

Wenn die Installation halbwegs sauber gelaufen ist, dann wurde die neue Installation unter /usr/local vorgenommen. Deine PATH Variable enthält wahrscheinlich /usr/local/bin vor /usr/bin .
Damit wird, wenn Du nur perl auf der Kommandozeile eingibst, das neuere Perl in /usr/local/bin gefunden.
Wenn Du explizit mal /usr/bin/perl -v aufrufst, sollte sich das alte Perl noch melden.

Wenn Dein Spam-Assassin explizit mit /usr/bin/perl aufgerufen wird, sollte das noch die alte Installation nutzen.

Wie sieht /etc/init.d/spamassassin aus? Wird darin einfach "perl" aufgerufen? Oder wird da ein kompletter Pfad zu einem Perl-Interpreter mitgegeben. Ggfs. kann man das init-Skript einfach modifizieren, so dass es /usr/bin/perl aufruft?