Führe das zweite Program nicht mit system() aus, sondern mit Backticks oder mit qx().
Damit kannst Du STDOUT des zweiten Kommandos einfangen.
Wenn's mehr Möglichkeiten haben soll (z.B. STDERR auch einfangen), dann schau vielleicht mal nach IPC::Open3

Oder - je nach dem, wie Du system() verwendest - leite die Ausgabe des Kommandos in eine temporäre Datei oder FIFO um und lese diese anschließend aus und danach löschst Du das Ding wieder).