ascii-transfer ist schrecklich und bringt, wie du siehst, viel mehr probleme als es löst.

Im Allgemeinen würde ich immer dazu raten, auf Unix-Zeilenumbrüche zu setzen. Unter Windows gibt's eh keine Shebang-Relevanz, sondern es geht um die Dateiendung, es stört also nicht. Und damit umgehst Du das Problem komplett.