Ich bewzeifle ja, dass die Shell damit irgendetwas zu tun hat, denn die sollte den Datenstrom gar nicht anfassen.

Das Encoding, welches Mono standardmäßig als System.Text.Encoding.Default verwendet hängt jedenfalls von der Einstellung der Umgebungsvariable LANG ab, vielleicht hilft es also auch, die Localeeinstellungen auf dem Hostsystem anzupassen.