Mein Tip ist zuerst mal das Skript mit einem Profiler laufen zu lassen. Ich empfehle das Modul Devel::NYTProf und nytprofhtml.

Stehen in deiner Suffix List reguläre Ausdrücke oder einfache Strings? Wenn es nur Strings sind, dann wäre eine Suche mit index() eventuell schneller als der Regex Vergleich. Dabei sollte zuerst sollten Eingabe und Muster zuerst die Groß/Kleinschreibung von Eingabe und Muster normalisiert werden. Die Funktionen uc() und lc() bieten sich da an.